농진청에 따르면 축사의 외부구역과 내부구역을 나누는 방역구역은 교차오염 방지를 위해 명확하게 구분해 관리하는 것이 중요하다.

방역구역은 가축질병 원인체 등 잠재적인 오염원이 들어오지 못하게 관리하는 곳이다. 축사, 관리사무실 및 사료창고 등을 방역구역으로 관리한다.

방역구역은 청색 테이프나 페인트로 외부와 내부를 간단하게 구분할 수 있도록 방역라인 경계선을 그려주는 것이 좋다. 

축사입구 또는 전실에 판자 또는 의자와 장화 소독조를 배치하여 장화 교체구역을 마련해 두면 출입자가 명확하게 방역구역으로 인식할 수 있다.

방역구역 안에서는 신발을 갈아 신을 때 외부 신발과 내부 전용 장화가 서로 섞이지 않도록 각각의 위치를 정해둬야 한다. 

축사 안으로 들어갈 경우 내부 장화로 갈아 신고, 장화 소독조에 장화를 담가 소독을 한 뒤에 축사로 들어가도록 한다. 장화 소독조는 발등까지 푹 잠길 수 있는 높이로 소독약을 맞춰 놓는다.

장화에 묻은 흙과 분변 등의 유기물을 세척한 뒤 소독조를 사용하면 소독 효과도 높아진다고 농진청은 설명했다.

또한 사용하는 소독약은 정해진 희석 배율에 따라 만들어야 하며, 겨울철 추위로 소독 효과가 감소하지 않도록 관리해야 한다고 강조했다.

특히 겨울철 4도(℃) 이하의 낮은 온도에서는 소독 효과가 감소하므로 희석 배율을 고농도(유기물 조건)로 맞춰 사용한다. 또한 장화 소독조가 얼지 않게 소독조의 위치를 출입구 안쪽으로 이동하거나 열선 등의 보온장치를 사용하는 것이 좋다.