농림수산식품부는 내년 축산정책을 FTA 시대에 대응할 수 있는 정책에 초점을 두고 사육환경 개선에서부터 친환경축산 기반 구축, 생산성 향상, 질병근절, 가축분뇨 자원순환 등 품질 경쟁력 제고에 나선다는 방침이다. 또 재해보험 대상 품목 확대, 사료부가세 영세율 적용 연장, 영농상속공제액 상향조정 등 제도개선 및 세제지원도 함께 시행할 계획이다. 

농식품부는 이런 내용으로 내년 축산정책 방향을 설정, 무항생제축산물과 동물복지축산농장인증제를 통폐합하고, 환경친화축산농장 지정제도를 폐지키로 했다.

또 가축분뇨 해양 투기 금지에 따라 3천마리 미만 사육농가는 공동자원화 시설 중심으로 처리하고, 3천마리 이상 기업형은 자체 처리시설 설치를 유도해 나가기로 했다. 이와 함께 축산과 경종조직이 연계한 퇴·액비 자원화 전문조직을 육성하는 한편 가축분뇨 퇴·액비 품질향상을 위해 부숙판정기 보급도 확대하기로 했다.

특히 오는 2014년 농장단위  돼지이력제 본격 시행을 앞두고 생산이력분야의 경우 내년 9월부터는 모든 양돈농장에 농장식별번호 부여하는데, 농장식별번호가 없는 돼지에 대해서는 판매 및 도축을 금지키로 했다. 유통이력분야에서는 일부 브랜드업체를 대상으로 도축 이후 판매 이력번호 표시까지 확대한 시범사업을 실시할 계획이다.

아울러 농식품부는 낙농진흥법개정안에 전국단위 수급관리, 중앙낙농기구 설립, 집유 일원화를 반영할 계획이다.

한편 농식품부는 FTA로 인해 피해를 보는 품목에 대해서는 소득보전직불금 및 폐업보상금 지급도 시행할 계획이다.